Einleitung
Zu Beginn des Filmes erleben wir einen Rückblick in die Vergangenheit in der es noch keine Pokebälle gab und die Pokemon unabhängig von den Menschen lebten. Das Pokemon Lucario rennt durch eine gebirgige Gegend und kommuniziert mit seinem Meister Aaron in einem nahe gelegenen Palast. Wie man schnell feststellen kann, ist Lucario auf einer Aufklärungsmission um das Herannahmen zweier gigantischer Armeen (rötlich gefärbte Pokemon aller Art und grünlich gefärbte Pokemon aller Art sowie Menschen in Rüstungen) zu untersuchen...

Diese zwei Armeen sind verfeindet und drohen in der Nähe des Palastes aufeinanderzutreffen. Sollte es hier zum Zusammentreffen der Armeen kommen, würde der Palast des kleinen Königreiches im Zuge der Kampfhandlungen zwangsläufig zerstört. Aaron schickt deshalb Lucario los um die Lage zu prüfen und den Konflikt zu verhindern.

Als es klar wird, dass das Zusammentreffen der beiden Armeen nicht mehr zu verhindern ist, ruft Aaron sein Tauboss und fliegt mit ihm zum "Berg des Anfangs".

Dort angekommen stößt Lucario zu seinem Meister und will ihm helfen. Doch Aaron schleudert kommentarlos seinen Stab in Richtung Lucario, woraufhin Lucario in ihm gefangen wird (wie in einem Pokeball). Lucario ist über den Vorfall entsetzt und versteht das Verschwinden seines Meisters als Flucht vor dem Kampf. So wird Lucario im Stab gefangen...

Zu Beginn des Filmes sehen wir ein Ei in einer Luftblase durch das tiefe Meereswasser treiben. Irgendwann taucht jedoch ein mächtiges U-Boot auf und schnappt sich dieses Ei per Greifarm. Innerhalb des Schiffes freut sich ein alter Kapitän schon hämisch darauf mit Hilfe dieses Eis seine Wünsche zu erfüllen.

Doch kaum sagt er dies, da schnappt sich ein U-Boot-Mitglied das Ei und sagt, dass es nicht rechtens wäre so etwas zu tun. Wie wir schnell erfahren, handelt es sich bei diesem Mann nicht um ein U-Boot-Mitglied, sondern um den getarnt operierenden Pokemon Ranger Jackie (Jack Walker). Dieser flüchtet daraufhin mit dem Ei vom U-Boot indem er mit seinem Fangkom ein wildes Mantax fängt und darauf davonreitet. Damit ihn niemand verfolgen kann, verpaßt das Mantax der U-Boot-Besatzung noch einen mächtigen Konfusstrahl.

Ash, Lucia und Rocko sind auf dem Weg zur in den Bergen gelegenen Stadt "Alamos Town" (US-Name) um dort an einem Pokemon-Wettbewerb teilzunehmen. Als alle den Rand der Stadt erreichen stellen sie jedoch fest, dass die Stadt auf einem Felsen liegt und nur von einer anderen, weit entfernten Seite aus erreichbar ist. Zum Glück kommt in diesem Moment aber ein Heißluftballon mit einem Mädchen und einem Panflam daher. Sie stellt sich als Heißluftballon-Touristenführerin Alice vor und bringt unsere Freunde in die Stadt. Klar, dass Rocko sich auch direkt in Alice verliebt - dabei aber von Glibunkel ausgebremst wird (armer Rocko ^^).

Während des Fluges erfahren wir, dass Alice nebenbei Musik-Studentin ist und sogar auf einem Blatt flöten kann. Bei einer Präsentation dieser Fähigkeit kommen direkt einige wilde Tauboga und Pelipper angeflogen - so schön ist der Klang. Fast noch interessanter ist die Sichtung der "Space-Time Towers" (dt. Raum- und Zeit-Türme). Rocko erfährt über sein Buch, dass diese von dem brillianten Godey vor 100 Jahren errichtet wurden. Jeweils einer der Türme steht für den Raum und die Zeit. Im Inneren der Türme finden auch die Pokemon Wettbewerbe statt.

Als sich der Heißluftballon den Space-Time Towers nähert kommt es zu einer Raum-Zeit-Verzerrung. Unsere Freunde gehen im Moment aber noch davon aus, dass dies eine merkwürdig starke Böe war. Nach der Landung in Alamos Town trainieren Ash und Lucia mit einigen anderen Trainern (mit Impoleon, Chelterrar und Panferno) und man hört ein tolles Intro-Lied.

Zu Beginn des Films sehen wir (nach dem Intro) ein wildes Shaymin in seiner Landform wie es zu einem Teich geht um etwas zu trinken. Beim Teich bemerkt es dann ein Dialga sowie ein auftauchendes Giratina in der Urform. Das Giratina greift das Dialga an und saugt es auf Befehl eines gewissen Zero in die "Gegenwelt". Dabei fällt auch das Shaymin in diese Gegenwelt. Während Dialga und Giratina kämpfen, saugt Shaymin etwas von dem dunklen Nebel weg und setzt am Ende auch eine Attacke ein um wieder in die normale Welt zurückzukehren. Auch Dialga versucht in die normale Welt zu fliehen, was letztlich sogar gelingt. Dabei versiegelt Dialga auch das Portal (es lässt die Zeit in einer Endlosschleife um sich selbst laufen), so dass Giratina ihm nicht mehr folgen kann. All dies wird sowohl von Zero als auch einem Mann mit Forscherausrüstung beobachtet. Das Shaymin fällt zum Schluss in einen treibenden Fluss und wird mitgerissen. Hiernach folgt die Einblendung des Kinofilmtitels.