Rayquaza, Groudon und Kyogre bilden gemeinsam das Wetter-Trio bzw. die Wetter-Legenden. Von den drei Trio-Mitgliedern hat Rayquaza einen unterschiedlicheren Gesamtbasiswert als seine anderen Mitglieder. Rayquaza hat einen Gesamtbasiswert von 680, während Kyogre und Groudon jeweils einen Gesamtbasiswert von 670 haben. Andere Trios zeigen dieses Merkmal nicht. Es ist eines der wenigen Pokémon, welche eine VM-Attacke (Fliegen) durch Level-Up erlernen können. Rayquaza ist das einzige legendäre Pokémon, das der Spieler auf Level 70 fangen kann, bevor er die Top 4 herausfordert. Somit kann der Spieler ein Pokémon besitzen, das vom Level her stärker ist als die der Top 4 (Das stärkste Pokémon der Hoenn-Liga besitzt lediglich nur Level 58). Dies ist jedoch nur auf Pokémon Smaragd möglich. Rayquazas Mundhöhle ist in einigen Sprites (besonders der dritten Generation) blau, aber im offiziellen Artwork von Ken Sugimori und in Diamant/Perl ist sie rot. Rayquaza gehört ebenso wie Mewtu, Lugia, Ho-oh, Dialga, Palkia und Giratina mit einem Gesamtwert von 2059 zu den zweitstärksten Pokémon, die es bisher gibt. Das Pokémon mit dem höchsten Gesamtwert ist Arceus mit 2139.